Vargas Cardona fue capturado el 8 de agosto de 2012 en el municipio de Girardota, norte de Medellín, en un operativo de las Fuerzas Especiales de la Policía Nacional denominado Esparta que se llevó a cabo en una finca en la que fueron hallados más de 200 millones de pesos y armas de fuego. 

"Sebastián" era uno de los hombres más buscados del país ya que controlaba un ala de "La Oficina de Envigado", desde la cual lideró una guerra para asumir el control con Maximiliano Bonilla, alias "Valenciano". 

"Sebastián", quien fue sicario de Diego Fernando Murillo Bejarano, alias "Don Berna", llegó a controlar el 90 por ciento de las organizaciones que delinquían en la capital antioqueña. 

De acuerdo con la Policía, había logrado expandir sus vínculos de narcotráfico a San Andrés, Estados Unidos y Europa, apoyándose además en una estrecha alianza con el "Cartel de Los Zetas", en México. 

Pese a que la extradición se había autorizado, a través de la resolución 156 del 21 de mayo del 2013, la defensa de "Sebastián" apeló dicha decisión. Esta última fue confirmada por el Presidente de la República mediante una resolución ejecutiva del 12 de agosto.