El proyecto de ley presentado por el Ministerio de Defensa, permitiría la reestructuración de la Justicia Penal Militar o Policial, además de la implementación de una Fiscalía General Penal Militar y Policial. 

Los representantes de la Comisión Primera abrobaron que con este proyecto de ley se organice un Cuerpo Técnico de Investigación, como parte de uno de los articulados que se señalan en la reestructuración. 

Una de las opositoras a que se aprobara el proyecto de ley en su tercer debate, fue la representante del partido Alianza Verde, Angélica Lozano, quien aseguró "es terrible que un proyecto de ley ordinaria reforme la Constitución, es inconstitucional que lo aprueben por pupitrazo". 

Adicionalmente, agregó " como era un proyecto del Ministerio de Defensa así esté bien o mal, siempre van aprobarlo, sin tener en cuenta que en caso de que se llegue aprobar definitivamente los falsos positivos o las cruzadas quedarían en la impunidad". 

Frente a lo que afirmó Lozano, el artículo más polémico es el 8, el cual específica los crímenes que van a pasar a conocimiento de la jurisdicción militar como: homicidio, infracciones contra el derecho internacional humanitario, delitos contra la protección de la información y de los datos, delitos contra la fe pública, delitos contra la administración pública. 

A su vez agrega que con excepción de los delitos de peculado sobre bienes de dotación, peculado culposo, abuso de autoridad, abuso de autoridad especial y omisión de apoyo—, tendrán conocimiento de los delitos contra la seguridad pública, contra la seguridad de la Fuerza Pública, contra la población civil y delitos contra la existencia y la seguridad del Estado. 

Sin embargo, el proyecto de ley excluye de la competencia de la justicia penal militar los crímenes de lesa humanidad, genocidio, desaparición forzada, ejecución extrajudicial, violencia sexual, tortura y desplazamiento forzado.