Merlano será trasladado en las próximas horas al búnker de la Fiscalía en Bogotá, y el próximo lunes será presentado ante la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia que lo acusó del concierto para delinquir agravado. 

En junio de 2008 el excongresista había sido declarado inocente de los señalamientos que lo vinculaban con las AUC por la juez tercera especializada de Bogotá, quien aseguró no encontrar pruebas fehacientes que vincularan a Merlano con beneficios políticos y electorales por parte de los paramilitares que operaban en Sucre. 

Esta decisión causó una gran polémica en ese momento pues Merlano Fernández había renunciado a su fuero como congresista para evitar un juicio por parte del alto tribunal.

Sin embargo, esta decisión fue apelada por la Fiscalía, en 2008 al considerar que sí había pruebas contundentes para declararlo culpable pues éste se había reunido con grupos de autodefensas para que lo apoyaran en su carrera política. 

Jairo Enrique Merlano fue uno de los primeros congresistas llamados por la Corte Suprema a responder por la influencia de los paramilitares en las elecciones legislativas del año 2002.