Muchos años duró en Colombia la lucha entre el poder temporal y el espiritual. Empezó con José Hilario López y continuó con Tomás Cipriano de Mosquera. Este dictó un célebre decreto que se conoce como el de desamortización de los bienes de manos muertas, que consistió en la expropiación de los bienes de la iglesia católica, para luego venderlos en públicas subastas. Durante la época de los gobiernos radicales hubo grandes polémicas entre la iglesia y el estado.

Hubo una guerra contra el presidente Aquileo Parra que tuvo todas las características de conflicto religioso. Finalmente los sectores clericales triunfaron y en 1886 se les devolvió el poder, especialmente en la educación a la iglesia católica. En política, durante la hegemonía conservadora en la primera mitad del siglo XX la iglesia católica tenía un gran poder en el partido gobernante. Los arzobispos señalaban quién debería ser el candidato presidencial y los curas párrocos eran verdaderos jefes de partido. Durante los gobiernos liberales después de 1930, se trató de equilibrar el problema religioso y pudieron ser aprobadas reformas importantes.

Pero durante la hegemonía conservadora, después de 1946, la injerencia del clero en la política fue muy notoria. Esto trajo consigo muchas críticas y la libertad de consciencia quedó para los viejos anaqueles. Volvió el clero a tener influencia en los partidos y esto trajo consigo rechazos y en algunos casos desbandadas. Con la llegada del Frente Nacional, la injerencia de la religión en los partidos empezó a disminuir y los promotores de las reformas políticas comenzaron a estudiar la manera de convertir a Colombia en un Estado laico. Es así como todos los partidos estuvieron de acuerdo en que la religión no debía intervenir en la política. La iglesia tendría su espacio en las costumbres, en la moral y debería empezar a tener influencia en la pacificación del país. Es así como llegamos a la Constitución del 91, que estableció un estado laico, con algunas concesiones.

Pero ahora nos encontramos con un fenómeno muy curioso, ya el Partido Conservador no es un movimiento religioso, el Partido Liberal tiene sus ideas en esta materia pero ya las grandes polémicas no se escuchan en los ámbitos nacionales. Pero con la proliferación de los movimientos políticos, han surgido partidos que tienen como alero una iglesia. Son partidos religiosos. Esto es preocupante, porque los partidos en los países de mayoría musulmana son abiertamente religiosos. Además, el Estado también es religioso. Lo cual trae consigo el fundamentalismo y las dictaduras religiosas.