El oficial en retiro se posesionó como titular de la diplomacia de dicho país el 18 de febrero de 2009, apenas unos meses después que renunciara a la Comandancia del Ejército nacional tras conocerse que 11 jóvenes de Soacha, Cundinamarca, fueron asesinados por uniformados en Ocaña y mostrados como integrantes de la guerrilla.  

El escándalo de los ‘falsos positivos’ y su posible participación en la falsa desmovilización son sólo dos episodios en su carrera. Su paso como Comandante de la Cuarta Brigada del Ejército dejó un mar de rumores sobre presuntos nexos con paramilitares.  

El más reciente testimonio en su contra provino del narcotraficante extraditado Juan Carlos ‘El Tuso’ Sierra, quien dijo que el oficial en retiro hacía parte de la nómina de la ‘oficina de Envigado’. Al general Montoya también lo salpicó el jefe paramilitar  alias ‘Don Berna’, quien dijo que las AUC y el Ejército trabajaron de la mano en la operación ‘Orión’ en la comuna 13 de Medellín. 

Un cable de Wikileaks de marzo de 2006 reveló que el entonces embajador en Colombia de Estados Unidos, William Wood, dio un reporte a su Gobierno sobre Montoya, cuando este asumió la Comandancia del Ejército en reemplazo del general Reinaldo Castellanos, sobre ciertas ‘dudas’ en su contra.  

El cable registró las prevenciones contra el oficial no sólo por presuntos vínculos con las AUC, sino por posibles casos de corrupción y violaciones a los Derechos Humanos, aunque deja en claro el reporte de que no se tenían evidencias sobre estas acusaciones. 

En febrero de 2010, tres coroneles de la Brigada 18 con sede en Carepa, Antioquia, declararon ante un Juez que supuestamente el general Montoya propició nexos entre la Fuerza Pública y el Bloque Héroes de Tolová para llevar a cabo una operación contra la guerrilla en 2005.